El Colegio San Ignacio de Loyola fue fundado el 11 de diciembre de 1885. Inicio labores en el antiguo edificio de la Plazuela de San Ignacio con 200 estudiantes, de los cuales 30 eran internos.  En 1957 se trasladó a la nueva sede ubicada en el sector del Estadio. 

En 1955 se fundó la sección infantil en Miraflores, dirigida por las religiosas españolas Siervas de San José quienes prestaron su servicio hasta el año 1979. En el año 1966 la sección infantil se trasladó al sector Nueva Florida.  En 1984 comenzó el preescolar con 150 estudiantes.  En 1994 se inició la experiencia de coeducación con enfoque de género.

Durante estos 122 años de labores, jesuitas y laicos, han trabajado con tenacidad fundamentados en la espiritualidad ignaciana, siguiendo el criterio del "Magis": ser más para servir mejor.  Su razón de ser gira en torno a la Formación Integral desde las diversas dimensiones de la persona.

La tradición educativa que tiene el Colegio en la ciudad nos ha llevado a trabajar en pro del mejoramiento continuo.  Las más altas condecoraciones gubernamentales y educativas a nivel nacional y regional lo confirman.  Recientemente, el 12 de diciembre de 2005, el Colegio recibió del ICONTEC el certificado de Gestión de Calidad bajo la norma ISO 9001:2000.  El 22 de febrero de 2006 FENALCO SOLIDARIO otorgó a la institución la certificación en Responsabilidad Social, reconocimiento que desafía a seguir formando hombres y mujeres para los demás y con los demás, capaces de asumir un compromiso solidario y comunitario en la construcción de una sociedad más justa y participativa.  En mayo de 2006 el Colegio recibió el premio "Excelencia Educativa" por parte de la Alcadía de la ciudad, por sus resultados en las Pruebas de Estado.  Finalmente, en agosto de 2006, FENALCO Antioquia le otorgó su máxima condecoración: "El Mercurio de Oro".